#fastq #parser

bio-rust

解析生物信息领域的基本数据结构,提供操纵这些数据的接口和构建一些统计模型。

1 unstable release

0.1.1 Aug 11, 2022

#259 in Biology

MIT license

7KB
161 lines

Bio-Rust

这个库为本人学习rust的一个练手的库,旨在通过对优秀代码的阅读,根据相关理论模型,动手去实现相关功能,以加深对相关知识的理解和运用。

  • 常用数据结构
  • 解析生物信息学数据文件结构
  • 生物信息分析数据模型的实现

常用的数据结构

解析生物信息学的数据结果

  1. fastq文件格式的解析;
  2. vcf文件格式的解析;
  3. bed文件格式的解析;

模型算法

使用多线程的方式实现并行计算


lib.rs:

bio-rust

解析生物信息领域的基本数据结构,提供操纵这些数据的接口和构建一些统计模型。

Dependencies

~305KB